Edito

La France s’est officiellement déconfinée le 11 mai dernier dans le prolongement d’une situation inédite où la plupart d’entre vous ont retroussé leurs manches de molécularistes pour participer au combat national contre le SARS-CoV-2 et/ou ont prêté main forte sur d’autres initiatives. Malgré la fermeture des cliniques de chirurgie esthétique et des salons de coiffure, le GBMHM s’est offert un relooking complet en commençant par son logo, son site internet en cours de finalisation et la 1ère édition de la Newsletter que vous êtes en train de découvrir. Prévue à une fréquence bimestrielle, nous espérons qu’elle vous apportera des informations utiles et pertinentes dans votre pratique quotidienne de l’onco-hématologie moléculaire. Bonne lecture !

News scientifiques

Focus sur le travail collaboratif mené par Yannick Le Bris sur l’apport du NGS dans la prise en charge des patients atteints d’hémopathies myéloïdes chroniques. Récemment publiée dans Haematologica, cette étude a également été présentée aux assises de génétique à Tours en janvier 2020.
Diagnosis and prognosis are comforted by integrated assessment of next-generation sequencing in chronic myeloid malignancies. A real-life study. Vantyghem S et al, Haematologica 2020
« …L’objectif était d’évaluer ce qu’a apporté le séquençage d’un large panel de gènes dans l’aide au diagnostic et dans le choix du traitement pour des patients atteints d’hémopathies myéloïdes chroniques. Dans le cadre du bilan diagnostique d’une myélodysplasie par exemple, seules les mutations de SF3B1 ont été validées dans la dernière version de l’OMS publiée en 2016 mais les autres mutations récurrentes ont elles changé la conclusion diagnostique et amené à une prise en charge spécifique?
… L’indication du séquençage a été systématiquement validée après discussion en RCP clinico-biologique. Les indications retenues concernaient majoritairement des patients pour lesquels les résultats cytologiques du caryotype ou d’anatomopathologie ne permettaient pas de conclure avec certitude à une myélodysplasie, un syndrome mixte ou à une néoplasie myéloproliférative (NMP)….
Le panel de gènes utilisé est basé sur les recommandations de l’INCA publiées en 2013 et mises à jour en 2016, enrichi de gènes qui présentent un intérêt dans les indications habituellement visées par les cliniciens.
…Dans 1/3 des cas de patients pour lesquels le travail a eu un impact thérapeutique, les cliniciens ont décidé d’une désescalade thérapeutique de type abstention thérapeutique ou remplacement d’une allogreffe par un autre traitement.
… Nous sommes en train de regarder le devenir de ces patients pour tenter de mesurer l’impact à terme de cette étude. La démarche d’une discussion en RCP systématique est recommandable car elle a aussi l’avantage d’un rôle pédagogique dans la juste prescription et l’interprétation de nos résultats avec les cliniciens. »
Retrouvez (bientôt) la version intégrale de l’interview de Yannick sur le site du GBMHM !

Actualités institutionnelles

Plan FMG 2025 : Séquençage du génome entier : PFMG 2025 Cancer

Le plan de France Médecine génomique 2025 a pour vocation de faire entrer le séquençage à très haut débit (Genome, Exome et RNAseq) dans le soin courant (maladies rares consitutionnelles et cancer), le but étant d’identifier des cibles moléculaires qui peuvent orienter vers de nouvelles thérapeutiques ciblées. Lors du premier appel d’offre, deux plateformes ont été retenues :
Seqoia, située à Paris (pour le « nord ») et Auragen située à Lyon (pour le « sud »). Les prélèvements issus de la France entière (y compris les DOM-TOM) seront adressés à ces deux plateformes, selon des procédures propres.
Les modalités de prescription ont été définies, et font l’objet d’un contrôle à chaque étape (Prescription, RCP d’amont, qualification du matériel biologique, interprétation biologique et bioinformatique, RCP d’aval nationale avant restitution du résultat au clinicien prescripteur). Les pipelines d’analyse sont a ce jour en cours de validation.

Seqoia, située à Paris (région Ile de France) et Auragen située à Lyon (région Auvergne-Rhône-Alpes). Les prélèvements issus de la France entière (y compris les DOM-TOM) doivent être adressés à ces deux plateformes, selon leur localisation géographique.

Les modalités de prescription ont été définies, et font l’objet d’un contrôle à chaque étape (Prescription, RCP d’amont, qualification du matériel biologique, interprétation biologique et bioinformatique, RCP d’aval nationale avant restitution du résultat au clinicien prescripteur). Les pipelines d’analyse sont en cours de validation.

En hématologie, plusieurs indications ont été retenues :

• les LA en rechute, quel que soit l’âge, éligibles à un traitement curatif (J. Soulier et R. Itzykson),
• les lymphomes B à grandes cellules en rechute/réfractaires (S. Carras et F. Jardin)
• les lymphomes de diagnostic incertain (P. Sujobert et C. Laurent)
• les LA pédiatriques au diagnostic

Retrouver toutes les infos sur les sites
– https://laboratoire-seqoia.fr/
– https://www.auragen.fr/

Accréditation

• Modification de l’article 7 de l’ordonnance n°2010-49 du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale
  La date limite « d’accréditation 100% » est repoussée au 1er mai 2021 (date à laquelle les dossiers doivent être déposés). Le « 100% » concerne les lignes de portée et non plus les examens. Plus de détail ici
• Externalisation des analyses Sanger

Un laboratoire de microbiologie s’est vu refuser sa demande d’extension sur une analyse d’identification fongique par des méthodes de biologie moléculaire. Ce dernier réalisait la PCR et externalisait le séquençage à une structure non laboratoire de biologie médicale. La commission du COFRAC a estimé que cette externalisation n’était pas conforme à la réglementation en vigueur. Cette décision aura un impact sur le fonctionnement de nombreux laboratoires de biologie moléculaire et il va falloir s’organiser pour répondre à ces exigences (ré-internalisation pour ceux qui le peuvent, création de réseaux de coopération etc..).

On peut légitimement se poser la question des analyses bio-informatiques du NGS parfois sous-traitées à l’extérieur. D’après le COFRAC, il faut distinguer l’envoi de matériel « physique » (ADN, produit PCR…) de celui de données bio-informatiques. Le recours à un service support bio-informatique reste donc possible pour la mise en place et la réalisation des analyses bio-informatiques du NGS (cf SH GTA016 rev 00) sachant que certaines structures sont dans la démarche d’accréditation COFRAC.

 Travaux du GBMHM en cours 

• FLT3 Sizes matter: suite à la dernière réunion du GBMHM, nous vous avons proposé une étude du GBMHM intitulée « ITD grande taille : impact de la nature de l’ITD de FLT3 sur le ratio muté/sauvage par technique d’analyse de fragment ».

Le but est de comparer les résultats de ratio FLT3-ITD obtenus par analyse de fragment dans plusieurs laboratoires : duplications de tailles différentes, notamment duplications de grande taille et pour des multi-pics.

Un échange interlaboratoire avec des ratios discordants pour une duplication de 156pb nous a conduits à proposer cette étude.  Actuellement 6 laboratoires sont volontaires pour participer à un échange de matériel et à des comparaisons. Vous pouvez encore proposer votre participation en écrivant à Sylvie Tondeur (stondeur@chu-grenoble.fr).

• Variants rares NPM1: un appel aux membres du GBMHM a été fait lors de la réunion GBMHM du 4/02/20 afin de recenser les variants rares de L’équipe lyonnaise souhaite publier une description de sa stratégie de quantification des variants non décrits, et rapporter dans ce travail le maximum de nouveaux variants. N’hésitez pas à prendre contact avec Sarah Huet (sarah.huet@chu-lyon.fr)
• Retour sur le sondage concernant les faibles variants de l’EEQ NGS myéloïde 22.1

Quatorze des 15 laboratoires ayant participé à l’EEQ NGS myéloïde CQ22.1 ont répondu au questionnaire sur les mutations de faible VAF. Ces mutations -NRAS G12D, G13V et RUNX1 R204*- avaient été rendues par 1, 2 et 5 laboratoires respectivement. Elles étaient toujours vues sur les fichiers BAM, parfois avec un nombre limité de reads et leur non-rendu était le plus souvent dû au fait qu’elles étaient filtrées à cause de leur faible VAF. Deux de ces mutations étaient situées sur les hotspots mutationnels G12 et G13 du gène NRAS (Fig1). Ces résultats soulignent l’intérêt d’adapter le seuil de détection des mutations hotspots sous le seuil retenu pour les autres positions génomiques, comme cela est d’ailleurs déjà fait par certains centres. Une telle approche impose néanmoins de déterminer la limite de détection et la sensibilité selon la technologie NGS employée. Par ailleurs, la question de la pertinence clinique de mutations sous-clonales de si petite fréquence reste posée. Le GBMHM proposera bientôt un groupe de réflexion sur cette thématique.
Plus de détails sur le site internet (bientôt).

Fig1 : Distribution des VAF des mutations sous-clonales (sur NRAS et RUNX1) vues par les 14 laboratoires ayant répondu au questionnaire.

Actualités de l’association

• Merci à tous pour vos nombreux votes qui ont permis de définir un nouveau logo pour le GBMHM.
• Un site internet tout beau, tout neuf est également en cours de construction et sera bientôt opérationnel.
• N’oubliez pas vos cotisations pour 2020 ! Par chèque ou directement en ligne en cliquant sur le lien suivant : https://www.helloasso.com/associations/gbmhm/adhesions/cotisation-annuelle-2020

Agenda

• Congrès de la SFH reporté du 9 au 11/09/2020. Assemblée Générale du GBMHM le mercredi 9/09 lors des sessions groupes coopérateurs.
• Prochaine réunion du GBMHM : date à venir très prochainement !